利用全基因體關聯分析（GWAS）解析蝴蝶蘭抗黃葉病之遺傳架構

蝴蝶蘭是臺灣花卉出口的外銷支柱，然而由蝴蝶蘭鐮胞菌 (Fusarium phalaenopsidis) 引起的黃葉病嚴重威脅生產穩定性 。本研究由成功大學、中興大學及農業試驗所合作，針對 177 個蝴蝶蘭品系進行全基因體重定序 (Whole-genome resequencing)，獲得 1,968 萬個高品質單一核苷酸多態性 (single nucleotide polymorphism, SNP) 位點。

透過全基因體關聯分析 (genome-wide association study, GWAS)，研究團隊成功定位了多個與黃葉病抗性顯著相關的遺傳位點，並鑑定出兩個關鍵候選基因 Peq001041 與 Peq022991 。位於第 2 號染色體的 Peq001041 (功能註解為泛素羧基末端水解酶，與蛋白質降解調控相關) 以及第 16 號染色體的 Peq022991 (功能註解為 beta-葡萄糖苷酶， 與細胞壁木質化防禦相關)。在兩個基因中，Hap1 均對應到顯著較高的AUDPC 值(代表較感病)，而Hap4則展現了最強的抗性。證明了透過檢測這幾個關鍵位點的組合，我們就能在蘭花幼苗期精準預測其未來的抗病能力。此外，群體遺傳分析顯示，雖然不同基因群組間的觀賞性狀 (如花徑、株高) 存在顯著差異，但抗病等位基因廣泛分布於臺灣現有的蘭花種質資源中，顯示出極大的抗性選育潛力。總結本研究成果為蝴蝶蘭提供了首個染色體等級的抗病遺傳資源，將有助於開發精準分子標誌，輔助育種家在早期階段篩選具備高抗性的優質蘭花品種，提升臺灣蘭花產業的國際競爭力。

論文發表：

Chen, L.Y. (陳令瑜), Huang, Y.H., Kao, C.F. (高崇峰), Wu, Y.J. (吳彥徵), Hsieh T.F. (謝廷芳),Su, J.F. (蘇俊峰), Lai, Y.H. (賴永翔), Lai, P.C. (賴本智), Lin, Y.Y., Lin, T.C., Chen, W.H. (陳文輝), Chen, H.H.* (陳虹樺), and Chen, S.Y.* (鄭舒允) 2026. Whole-genome resequencing-based GWAS reveals loci associated with yellow leaf disease resistance in Phalaenopsis. Scientia Horticulturae 359, 114767

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0304423826001603