研究方向：親緣地理學、野生種群的演化基因體學、水稻與中國茶的馴化、芒草的生態基因體學、野生擬南芥的種化、柳葉菜科的Phylogenomics（與彼得·雷文博士合作 )
新聞報導：

1. 國立成功大學國際期刊「生態遺傳學及基因體學」誕生 105.1.5
2. 超級食物黑番茄 成大種出來了 104.1.4
3. 南美外來種「刺軸含羞木」入侵　台南水庫區恐淤積缺水 103.5.5
4. 檢驗、認證分離 成大嚴格把關 103.3.18
5. 致力於生物基因體研究 成大與富士通締結伙伴關係 101.6.18
6. 成功一號玫瑰花　傲視群芳 101.4.12
7. 芒草可做替代能源  臺灣具多樣生物資源優勢 100.5.25
8.  民視異言堂 採訪影片 102.6.15
9. 獲頒論文被引用最多獎　成大蔣鎮宇教授享譽國際學術殿堂  94.7.12
10. 2004年蔣鎮宇教授當選美科學促進學會院士  93.10.27

2006-迄今 榮獲國立成功大學 特聘教授
2015/01–迄今 榮任 國立成功大學生科中心 主任
2007 榮獲國科會傑出研究獎
2005 榮獲日本植物研究期刊年度獎
2005 榮獲亞洲最重要的植物學期刊JPR頒發論文被引用最多獎
2007 榮獲生科院「2007年獎勵研究及產學合作優良教師及研究人員」優良獎
2006 榮獲生科院「2006年獎勵研究及產學合作優良教師及研究人員」A級 獎
2004 榮獲中國生物學會 學術成就獎
2004 當選「美國AAAS科學促進學會院士」
1998 榮獲斐陶斐獎學金
期刊編輯委員
BioFormosa、Endemic Speceis Research、Botanical Studeis、Journal of Plant Researches、HOAJ Biology
2012-迄今 副主編BMC Genomics
2014- 迄今 副主編Gene